Sigenae Public
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Contenu de ce site

Ce site web est destiné aux membres des équipes de recherche participant aux projets AGENAE (Analyse des GENomes des Animaux d'Elevage).

Il a pour but de mettre à disposition de cette communauté des outils et services permettant l'exploitation des données génomiques produites dans le cadre de ce programme.

 

Concernant les données de séquences, les services proposés par l'équipe SIGENAE sont le nettoyage des séquences, la génération de statistiques relatives aux banques générées et l'assemblage des séquences en contig. Les résultats de ces traitements sont stockés dans des bases de données accessibles au travers d'interfaces ad hoc.

Pour les données d'expression, le stockage est assuré par la mise à disposition et la maintenance d'instance du logiciel BASE. Les traitements pour générer ces données ou pour les exploiter sont réalisés soit directement à partir de BASE (activité de développement de modules), soit à l'aide d'autres logiciels (BZScan, BioConductor, ...).

 

Le site comprend deux parties disctinctes :

  • une partie dite publique, accessible à tous, proposant un accès à l'ensemble des données publiques disponibles pour les 5 espèces (bovin, porc, poule, truite et lapin) dans les banques dbEST et EMBL ;
  • une partie dite privée, accessible uniquement après ouverture d'un compte privatif, proposant un accès à l'ensemble des données publiques et des données propres aux projets AGENAE.

 

En plus des liens vers les outils de mise à disposition des données, vous trouverez sur les pages de ce site :

  • la documentation des applications et services développés par l'équipe ;
  • une page regroupant les FAQ associées au site et aux activités de l'équipe ;
  • l'organisation de l'équipe et les coordonnées de chacun de ses membres.

 

Bonne visite ...

 

Droits et devoirs des utilisateurs

Les utilisateurs sont responsables des interrogations qu'ils formulent ainsi que de l'interprétation et de l'utilisation qu'ils font des résultats. Il leur appartient d'en faire un usage conforme aux réglementations en vigueur.