WEBVTT

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00:00:00.115 --> 00:00:02.217
Bonjour je suis Christophe Klopp,

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00:00:02.217 --> 00:00:04.252
et je vais vous expliquer ce qu'est Sigenae.

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00:00:06.114 --> 00:00:08.011
Sigenae est une plateforme d'ingénieurs,

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00:00:08.012 --> 00:00:09.611
qui a été mise en place

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00:00:09.612 --> 00:00:10.530
il y a une 20aine d'années,

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00:00:10.541 --> 00:00:12.141
et qui rend des services aux biologistes

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00:00:12.241 --> 00:00:14.336
s'intéressants aux animaux d'élevage à INRAE.

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00:00:15.377 --> 00:00:18.462
Ces ingénieurs sont localisés sur deux sites,

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00:00:18.465 --> 00:00:20.059
comme le présente la carte

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00:00:20.159 --> 00:00:21.756
et appartiennent à 4 départements :

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00:00:21.856 --> 00:00:23.594
Génétique Animale (GA),

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00:00:23.694 --> 00:00:25.432
Physiologie Animale et Système d'Elevage (PHASE),

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00:00:25.433 --> 00:00:26.549
Santé Animale (SA) et

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00:00:26.649 --> 00:00:27.850
Mathématiques et numérique (MathNum).

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00:00:28.422 --> 00:00:30.054
Quels sont les services rendus par Sigenae ?

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00:00:30.937 --> 00:00:32.256
D'abord le premier service,

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00:00:32.356 --> 00:00:35.950
qui correspond à la plus grande partie de notre temps de travail,

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00:00:35.951 --> 00:00:37.937
c'est le traitement des données massives,

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00:00:38.396 --> 00:00:42.037
principalement issues des séquenceurs de 2ieme et 3ieme génération.

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00:00:42.757 --> 00:00:44.626
Et en terme d'applications,

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00:00:44.727 --> 00:00:46.830
on est centré sur la recherche de variations

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00:00:46.920 --> 00:00:51.849
à partir de génomes ou morceaux de génomes ou même de transcriptomes,

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00:00:51.950 --> 00:00:56.370
sur l'assemblage (génomes ou transcriptomes),

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00:00:56.871 --> 00:00:59.551
on fait de la recherche de diversité (16S)

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00:00:59.578 --> 00:01:05.357
on fait beaucoup d'analyses d'expression, de quantifications d'expression.

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00:01:05.359 --> 00:01:10.236
On fait du stockage de génotypes et de variants, et des analyses des petits ARNs.

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00:01:10.336 --> 00:01:12.393
On participe à des grands projets,

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00:01:12.395 --> 00:01:14.677
comme le 1000 génomes bovin ou VarGoats,

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00:01:15.386 --> 00:01:18.386
on a fait l'assemblage de l'abeille

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00:01:18.595 --> 00:01:21.348
ou de beaucoup de poissons (en cours).

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00:01:24.259 --> 00:01:26.276
Le 2ieme pan d'activité est le développement de

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00:01:26.277 --> 00:01:27.673
logiciels et de bases de données.

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00:01:27.680 --> 00:01:29.342
Je vous ai mis ici, sur le transparent

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00:01:29.344 --> 00:01:31.779
deux exemples de logiciel : jVenn et D-Genies.

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00:01:31.938 --> 00:01:33.847
JVenn c'est un logiciel qui permet de faire

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00:01:33.849 --> 00:01:35.414
des diagrammes de Venn à partir de listes

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00:01:35.506 --> 00:01:37.500
et D-Genies est un logiciel qui fait de la

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00:01:37.502 --> 00:01:39.858
comparaison de génomes et présente des dotplots.

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00:01:40.058 --> 00:01:42.720
Et je vous ai aussi ajouté la base de données PhyloFish

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00:01:42.943 --> 00:01:46.289
qui est une base de transcriptomes d'une 20aine de poissons

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00:01:46.437 --> 00:01:48.762
sur une 10aine de tissus permettant de faire

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00:01:48.765 --> 00:01:52.807
de la visualisation de transcripts, de leurs annotations,

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00:01:52.809 --> 00:01:54.383
des variants dans ces transcripts.

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00:01:54.385 --> 00:01:57.212
C'est une base assez riche qui est pas mal utilisée.

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00:01:58.683 --> 00:02:00.792
Le 3ieme pan d'activité c'est la formation.

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00:02:00.793 --> 00:02:04.099
Nous sommes formatteurs dans les formations de bioinfo Genotoul,

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00:02:04.187 --> 00:02:05.946
nous intervenons sur la recherche de variants

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00:02:06.109 --> 00:02:07.918
ainsi que sur le RNAseq et puis

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00:02:07.955 --> 00:02:09.648
sur les différents modules d'assemblage.

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00:02:11.493 --> 00:02:15.490
Sigenae maintient aussi l'environnement Galaxy

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00:02:16.155 --> 00:02:19.592
pour la communauté Genotoul.

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00:02:21.630 --> 00:02:26.574
Nous administrons la machine, gérons les tickets...

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00:02:27.932 --> 00:02:32.808
Et en conclusion : que peut faire Sigenae pour vous ?

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00:02:33.357 --> 00:02:34.591
Discuter de vos projets,

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00:02:35.291 --> 00:02:36.153
discuter de techiques,

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00:02:36.853 --> 00:02:38.120
vous former à la bioinformatique et

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00:02:38.328 --> 00:02:39.883
vous aider aux traitements de vos données.

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00:02:40.200 --> 00:02:44.126
Merci, à bientôt.